Майкл Фассбендер родился 2 апреля 1977 года в Хайдельберге, Германия. Мать актёра — ирландка, отец — немец. Согласно семейному древу Фассбендера, мать актёра — правнучатая племянница ирландского революционера Майкла Коллинза. В 1979 году семья переехала в город Килларни (Ирландия), где отец Майкла открыл ресторан West End House и работал там шеф-поваром.

После окончания колледжа отправился в Cork в Colaiste Stiofain Naofa, где прошел годовой курс обучения.

Поступил в Drama Centre London, но на последнем году бросил обучение. После прощания с «Central School of Speech and Drama» Майклу Фассбендеру удалось отправиться на гастроли со спектаклем «Три сестры» от «Oxford Stage Company».

Снялся в клипе группы The Cooper Temple Clause на песню «Blind Pilots».

Снялся в рекламном ролике авиакомпании SAS и пива Гиннесс.

Первой ролью Фассбендера стала роль сержанта Бёртона Кристенсона в популярном минисериале «Братья по оружию».

Из последних заметных ролей — лейтенант Арчи Хикокс в «Бесславных ублюдках», Квинт Дий в «Центурионе», Бёрк в «Джоне Хекс», Магнето в «Людях Икс: Первый класс», психиатр Карл Юнг в «Опасном методе» и андроид Дэвид в «Прометее».

10 сентября 2011 года Майкл Фассбендер получил кубок Вольпи за лучшую мужскую роль за роль Брэндона в фильме «Стыд»[.

В 2014 году был впервые за свою карьеру выдвинут на премию «Оскар» в номинации «Лучшая мужская роль второго плана» и удостоен многочисленных наград за злодейскую роль садистского рабовладельца в исторической драме «12 лет рабства».

В 2016 году был номинирован во второй раз на премию «Оскар» в номинации «Лучшая мужская роль» за роль основателя фирмы Apple Стива Джобса в фильме Дэнни Бойла «Стив Джобс». Был удостоен премии IFTA и других наград.